Công ty cổ phần Vận tải Biển Bắc tiền thân là Công ty Vận tải Thủy Bắc, một doanh nghiệp Nhà nước trực thuộc Cục Đường sông Việt Nam, được thành lập theo Quyết định số 1108/ QĐ/ TCCB-LĐ ngày 03/6/1993 của Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải.

Ngày 30/7/1997, tại Quyết định số 598/TTg, Thủ tướng Chính phủ chuyển Công ty Vận tải Thủy Bắc vào làm thành viên của Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam. Ngày 01/4/2004, tại Quyết định số 219/QĐ-HĐQT của Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam, Công ty Vận tải Thủy Bắc được đổi tên thành Công ty Vận tải Biển Bắc trực thuộc Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam.

Ngày 28/11/2006, tại Quyết định số 2518/Q Đ-BGTVT của Bộ trưởng Bộ GTVT chuyển từ doanh nghiệp Nhà nước sang Công ty cổ phần. Công ty chính thức chuyển sang công ty cổ phần vận tải Biển Bắc và đi vào hoạt động từ ngày 1/8/2007

Trong quá trình hoạt động, Công ty cổ phần Vận tải Biển Bắc thực hiện mô hình SXKD đa ngành nghề, trong đó vận tải biển là nhiệm vụ sản xuất chính.